1 grudnia 2016 r. zostanie utworzona państwowa instytucja kultury - Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku, która powstanie w wyniku połączenia Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku oraz Muzeum Westerplatte i Wojny 1939.
Celem tej zmiany jest optymalne wykorzystanie potencjału placówek o zbliżonym profilu działalności zlokalizowanych w Gdańsku, przy optymalizacji wydatkowania środków finansowych pochodzących z budżetu państwa. Informację o zamiarze i przyczynach połączenia wyżej wymienionych instytucji Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego podał do publicznej wiadomości w obwieszczeniu z dnia 6 maja 2016 r. (Dz. Urz. MKiDN poz. 25).
Przedmiotem działania Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku, tworzonego w wyniku połączenia dwóch placówek, będzie gromadzenie, ochrona oraz ekspozycja zabytków i zbiorów oraz materiałów dokumentacyjnych, dotyczących historii II wojny światowej, gromadzenie zbiorów i upowszechnianie wiedzy z zakresu dziejów Wojny Obronnej Polski w 1939 r. jako początku światowego konfliktu, ochrona, utrzymanie i rewitalizacja zespołu obiektów architektury militarnej na terenie placówki Westerplatte, prowadzenie działalności wystawienniczej, edukacyjnej, naukowej, wydawniczej oraz kulturalnej.
Z dniem połączenia osoby zatrudnione w łączonych instytucjach kultury staną się pracownikami Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku i zachowają uprawnienia wynikające ze stosunku pracy.
Jednocześnie w celu realizacji czynności związanych z połączeniem Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku i Muzeum Westerplatte i Wojny 1939 oraz utworzeniem państwowej instytucji kultury - Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku ustanawia się Pełnomocnika Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Funkcję Pełnomocnika Minister powierzył prof. nadz. dr. hab. Zbigniewowi Wawrowi.